长期生态专业委员会的主要任务是组织国内外学术交流与合作；开展技术咨询、技术服务与技术推广；开展科普宣传；培养本专业机领域后备力量等。

专业委员于会成立之初，组织召开了2次重要的国际会议，分别是2004年在北京召开了东亚地区长期生态研究国际会议和2007年在北京召开的国际长期生态学科学会议。

专业委员会推动了我国长期生态系统监测、研究与示范的规范性工作，促进了长期生态学研究的数据规范化整理、出版和共享，加强高端人才的培养与合作研究。